以粮食主产县市监利县和仙桃市农地整理项目区为研究区域，采用CVM调查农民专业协会管护模式下农户参与农地整理项目后期管护出资的意愿。运用农户合作行为博弈模型逻辑分析农地整理项目后期管护农户出资意愿的影响因素，进而采用二元Logistic模型和农户问卷调查数据进行实证。研究表明，在农民专业协会管护模式下，83.04%农户对农地整理项目后期管护有出资意愿，高于村集体管护模式下的出资意愿；家庭承包地面积、农户对后期管护工作重要性的认同程度和农地整理项目工程设施质量是农地整理项目后期管护农户出资意愿的重要影响因素。据此提出为促进农户积极参与农地整理项目后期管护出资，应培育农民组织作为后期管护主体，对工程设施进行定期检查与养护；鼓励、支持和保障农户进行耕地流转和规模化经营；加大对后期管护的工作内容和重要性的宣传力度；加强农地整理项目施工监管力度。